Berdiri sejak tahun 1953 sebagai RS hongeroedem (HO)
Tahun 1956 resmi menjadi RS Kabupaten dengan 60 Tempat Tidur (TT), pada tahun 1967 menjadi 90 TT
Tanggal 1 April 1982 diresmikan Menkes RI sebagai RSUD Kabupaten Bantul Type D
Tanggal 26 Pebruari 1993 ditetapkan sebagai RS Type C (SK Menkes RI Nomor 202/Menkes/SK/11/1993
Lulus Akreditasi penuh bulan Nopember 1995 untuk 5 Pokja
Tanggal 1 Januari 2003 menjadi RS Swadana dengan Perda No.8 tanggal 8 Juni 2002
Tanggal 29 Maret 2003 berubah nama menjadi RSD Panembahan Senopati Bantul
Tahun 2003 mendapatkan Piagam Penghargaan Citra Pelayanan Prima dari Presiden RI
1 September 2004 menerapkan Tarif Unit Cost (Perda Nomor 4 Tahun 2004)
Tahun 2004 mendapat Piala Citra Pelayanan Prima dari Presiden RI
Tanggal 22 Desember 2005 mendapatkan penghargaan RSSI dan RSSB tingkat Nasional
Sesuai SK Menkes No. 142/Menkes/SK/I/2007 Tanggal 31 Januari 2007 tentang Peningkatan Kelas RSUD Panembahan Senopati Bantul dari Type C menjadi Kelas B Non Pendidikan
Penetapan RSUD Panembahan Senopati Bantul sebagai salah satu dari seratus Rumah Sakit Rujukan Penanggulangan Flu Burung (Avian Influenza) sesuai Keputusan Menteri Kesehatan RI Nomor : 414/Menkes/SK/IV/2007 Tanggal 10 April 2007
Penetapan Logo Rumah Sakit Daerah Panembahan Senopati Bantul sesuai Keputusan Bupati Bantul Nomor 124 tahun 2007 Tanggal 16 Mei 2007
Struktur Kelembagaan : LTD berbentuk Badan (ditetapkan dalam Perda Nomor 17 Tahun 2007 Tanggal 20 November 2007)
Ditetapkan sebagai Rumah Sakit yang menerapkan Pola Pengelolaan Keuangan sebagai Badan Layanan Umum Daerah (PPK-BLUD) Rumah Sakit Umum Daerah Panembahan Senopati Kabupaten Bantul sesuai Keputusan Bupati Bantul Nomor 195 Tahun 2009 Tanggal 21 Juli 2009.
Tahun 2012 mendapatkan akreditasi sesuai Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor : HK.03.05/III/431/12 tentang Penetapan Rumah Sakit Pendidikan Utama Fakultas Kedokteran dan Ilmu Kesehatan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta dan sebagai Rumah Sakit Pendidikan Utama.
Tanggal 14 April 2015 telah mendapatkan Sertifikat Akreditasi dari Komite Akreditasi Rumah Sakit (KARS) dengan predikat "Paripurna" Bintang Lima.
Tanggal 2 Maret 2017 mendapatkan penghargaan dari KemenpanRB sebagai Role Model pelayanan publik kategori "A".
Tanggal 22 Oktober 2018 meraih kembali tingkat paripurna bintang lima dalam re-akreditasi KARS versi 2018.
Tanggal 27 November 2018 meraih Penghargaan Kinerja Pelayanan Publik Kategori Sangat Baik dari KemenpanRB.